阿蘇山の噴火によって、噴出した高温の火砕流が、五ヶ瀬川の峡谷沿いに流れ、冷却固結し溶結凝灰岩となり、柱状節理が生じた。五ヶ瀬川の侵食によって再びV字峡谷となったものが高千穂峡である。
昭和9年(1934年)に天然記念物、昭和40年(1965年)に祖母傾国定公園に指定された。
阿蘇山の噴火によって、噴出した高温の火砕流が、五ヶ瀬川の峡谷沿いに流れ、冷却固結し溶結凝灰岩となり、柱状節理が生じた。五ヶ瀬川の侵食によって再びV字峡谷となったものが高千穂峡である。
昭和9年(1934年)に天然記念物、昭和40年(1965年)に祖母傾国定公園に指定された。